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至于说贡举制度，已实行了百年之久，国家的治乱兴衰，当初就不由此决定。陛下看祖宗时代，贡举制度，和现在的相比哪时更精审？文章著作，和现在相比哪时更优秀？得到的人才，和现在相比哪时更多？天下的事情，与现在相比哪时更得到治理？比较这四方面的优劣长短，这次讨论就可以得出结论了。
“现在想改变的不过几件事：或者说乡试重视德行而忽略文词，或者说专取策问和议论而废除诗赋，或者想兼采声誉人望而废除封弥制度，或是想让参加考试儒家经典著作的考生不考试帖经墨义而考试经书的要旨，这是只知其一、不知其二的做法。我希望陛下注意长远的事情、大的事情，区区科举、学校制度何必参预呢？我又切实有超过正常估计的暗自忧虑之点。关于性命的学说，自从子贡那时就没有听说了，然而今天的学者，却以不谈性命为耻，读他们的文章，浩瀚无边，下无底当，上无篷盖，真是不可穷尽；看他们的容貌仪表，超脱世俗，无所附者，如清泉夏露，不可掬挹，这怎么真能如此呢？一般人的习性，安于放纵自己而喜欢说大话。陛下又怎么能任用他们呢？”
苏轼的奏疏呈上之后，神宗醒悟说：“我本来怀疑这件事，读了苏轼的奏议，思想上的疑虑消失了。”当天召见苏轼，问道“：现在政令的得失在哪里？即使是我的过失，你也可以指明陈述出来。”苏轼回答说：“陛下天性具有文武才能，不担心陛下不明察，不担心陛下不勤奋，不担心陛下不果断，但是担心陛下求治太急迫，听他人的话太广，提拔人太快。希望陛下以安静来镇住局面，待事情发生，然后再应付它。”神宗吃惊地说“：你所说的三句话，我当要周密考虑。凡是在馆阁任职的人，都应该为我深入思考治乱问题，不要有所隐瞒。”苏轼退出后，把召见的情况向同僚们说了。王安石不高兴，任命苏轼权开封府推官，想用事务来困住苏轼。苏轼决狱断案精审敏捷，名声越传越远。恰逢上元节皇帝敕令开封府购买浙江的灯，而且下令压低价格。苏轼上疏说“：陛下难道是用灯取乐？这不过是让两宫太后高兴罢了。然而百姓不可能家家知晓陛下的心意，都说是用听的看的一类不急需的玩物，夺取他们吃的、穿的生活必需品。这件事很小，对国家大体却影响很大，希望陛下追还前面下达的敕令。”皇帝立即下诏停止买灯。
当时王安石开始颁行新法，苏轼上书论新法不便，说：
“我所要说的，仅三句话而已。希望陛下凝聚人心，敦厚风俗，保存纪纲。皇上可以凭借的是人心而已。好比树木有根，灯有油，鱼有水，农夫有田，商贾有财。失去这些东西就会败亡，这是必然的道理。从古到今，没有和悦同其众而不安定的。刚愎自以为是而不危险的。陛下也知道现在人心是不快乐的。
“祖宗开国以来，管理财政开支的不过是三司。现在陛下不把财政开支交给三司管理，无缘无故又创建制置三司条例司这一机构，让六七名少年，日夜在里面谋划索取，使者四十余人，在外面分到各地经营办理。制置三司条例司，是求利的名称；六七少年与四十多名使者，是求利的工具。开始时声势浩大，百姓实在惊疑，创立的各法新奇古怪，官吏也都感到疑惧。以大国之主来谈利，以天子的宰相来治财，议论百出，万人喧哗，然而仍不回头，光是空说：‘我没有做这种事，何必怕人们说三道四。’拿着渔网到江河湖泊去，对人说‘我不是去打鱼’，不如舍弃渔网而人们自然相信。驱赶着鹰到森林里去，对人说‘我不是打猎’，不如放走鹰犬而野兽自然驯服。所以我认为要消除谗言恶语而召来和气，就不如废除制置三司条例司。
“现在皇帝和大臣们勤于政务，已经快一年了，然而富强国家的功效，渺茫好比捕风捉影，光听说内库钱拿出来数百万，祠部准许剃度五千多人出家罢了。用这来作为办法，那么谁不能呢？然而要实行的事情，大家都知道它的困难，汴水浑浊，自有百姓以来，不用来种植水稻。现在打算修筑陂塘使水澄清，种万顷地的水稻，必须使用千顷面积的陂塘，一年一淤积，三年陂塘就淤满了。陛下于是相信这种说法，立即派人察看地形，到处凿空，访寻水利，狂妄轻飘的人，任意争相进言。有关衙门虽然知道他们的办法粗疏，却不敢自行贬退他们，把年老的和年少的人追集起来，去察看他们所说的是否可行。假如不是明显难以办理的，就必须动工兴建。官吏苟且顺从，真的以为是陛下有意兴建，上耗费国库的钱财粮食，下误农时。万一堤防决口，河水冲出原来的河道，即使吃提出建议的人的肉，对于百姓有什么补救！我不知道朝廷何苦要做这件事？
“自古以来役使人，必然使用乡村农户。现在但听说江、浙之间，有几个州郡雇募役人，而且想把这一做法推行于全国。单丁、女户，是百姓中最穷苦的人，然而陛下首先想要役使他们，陛下富有四海，怎么忍心不加以抚恤！自从杨炎推行两税法，田租户调和庸役就已包括在一起了，如何又要征取庸役呢？万一后世不幸有搜括百姓钱财的大臣，庸役钱没有被废除，而差役照旧，推究其根源，就必然会有担当这罪责的人。青苗时放债钱，自古代就有禁令。现在陛下开始把它立为成法，每年都要推行。虽然说不许强迫百姓借贷交息，但几代之后，暴君污吏，陛下能保证他们不这样做吗？估计愿意借青苗钱的农户，肯定都是孤苦贫困没有接济的人，鞭挞他们急了之后，他们就要接着逃亡，这些人不还青苗钱，就由邻居互保户均摊，这种情况是必然的发展势头，将来天下百姓会痛恨青苗法。国史记载这件事，说：‘青苗钱自陛下开始。’难道不可惜？况且常平法，可以说是非常完备了。现在想改变为青苗法，破坏常平法推行青苗法，所丧失的更加多了，亏了官府害了百姓，即使后悔又怎么来得及！
“过去汉武帝因为财力匮乏枯竭，采用商人桑羊的建议，便宜买进高价卖出，称为均输。在当时行商坐贾都不流通，盗贼滋生势盛，几乎导致动乱。孝昭帝即位当了皇帝，霍光顺应百姓所想要的而给予他们，天下百姓都归向朝廷，于是天下无事。不料今天这种论调重新兴起。立法的初期，其费用已经很多，纵使稍稍有什么收获，但征收商税的数额，损失的必然很多。譬如有人替他的主人放牧牲畜时，用一头牛换五只羊，一头牛的损失，就隐瞒而不说，五只羊的收获，却指为功劳成绩。现在破坏常平法而说青苗法的功劳，亏损商税来获取均输的利益，与上面所举的例子有什么不同？我私下认为太过份了。议论的人必然会说‘：可以和百姓一起享受成功的快乐，难以和他们一起谋划创始。’所以陛下坚持实行而不顾反对意见，期望这些新法必然得以推行。这正是战国时代贪图功利的人，冒险侥幸的观点，没有等到成功的快乐，怨恨却已经起来了，我之所以希望陛下凝聚人心，正在于此。
“国家之所以生存和灭亡的原因，在于道德的高低，不在于国家的强弱；改朝换代之所以有长有短，在于风俗的轻薄敦厚，不在于国家的富有与贫穷。皇帝知道了这个道理，就知道哪个轻哪个重了。因此我希望陛下务必崇尚道德而敦厚风俗，不希望陛下急于取得成功而希图富强。爱惜风俗，好比保护人的元气一样。圣人不是不知道严峻刻薄的法律可以使百姓整齐划一，勇猛强悍的男子可成就事业，忠厚近似迂阔，老成初看好像迟钝。但终究不肯以彼代此，是因为知道所得到的小，而所丧失的大。仁宗皇帝执法非常宽厚，用人按次序，专意从事掩过盖失，不曾轻易改变旧的典章制度。考察他的成功，只能说还没有得到。说到用兵，那么十次出征九次失败；说到国库，那么仅仅满足需要而没有剩余。仅仅因为恩泽存在百姓之中，民间风俗懂得大义，因此仁宗皇帝升天之日，天下归于仁。议论的人见仁宗皇帝晚年官吏大多因循守旧，政事没有什么起色，就想以苛细急察的办法加以矫正，用智谋和才能加以划一，招来新提拔的人勇于急进的人，以求取得一切速成的效果。还没有享受到它的好处，浮薄的风气已经形成。多开迅速提拔官员的门径，假使有意外收获，一步就可得到公卿侍从这样的官职，使得按常规升迁的人也产生非份之想，想到期望风俗敦厚，哪里可能得到呢？近年直率纯厚的人越来越少，投机取巧得到提拔的人越来越多。只有陛下痛惜这种状况挽救这种风气，以简单易便为立法的标准，以清静作为思想的出发点，百姓的道德就会归向敦厚了。我之所以希望陛下敦厚风俗，原因就在于此。
“祖宗委任台谏官，不曾处罚过一位进谏的人，即便有轻微责罚，不久就越级提升，允许台官根据传闻弹劾，而御史台和谏院都不设第一把手。进谏时说到皇帝，那么天子改变仪容；弹劾之事牵涉到朝廷，那么宰相暂离相位等待调查。台谏官固然未必个个是贤人，所说的也未必都是正确的。然而必须培养他们的锐气，借用他们来使掌权者感到压力沉重，这是空话吗？将用他们摧折奸臣的萌芽。现在法令严密，朝廷清明，所谓的奸臣，万万没有存在的道理。然而养猫是为了捕捉老鼠，不能因为没有老鼠而养不捕捉老鼠的猫；养狗是为了防盗，不能因为没有盗贼而养不叫的狗。陛下怎能不上念祖宗设立此官职的用意，下为子孙后代作好永久的防备？我听到老年人的谈话，都说台谏官所讲的，常常是随着天下公论。公论所赞许的，台谏官也赞许；公议所抨击的，台谏官也抨击。现在舆论沸腾，怨恨毁谤交替而来，公议所在之处，也可知道了。我恐怕从今以后，习惯成风气，台谏官都成为执政大臣的私人工具，以致皇帝孤立，纪纲一旦坏乱，什么事情不会发生？我之所以希望陛下保存纪纲法度，原因也正在于此。”
苏轼见王安石力赞神宗独断专行和专用大臣，因此在考试进士策论出题时，用“晋武帝平定东吴因为独自决断而成功，苻坚伐晋因为独自决断而亡国，齐桓公专意任用管仲而称霸，燕哙专用子之而失败，事情相同而结果不同”作为问题，王安石更加恼怒，让御史谢景温弹劾苏轼的过失，但一再追究一无所得，苏轼于是请求出任地方官，任杭州通判。高丽来朝进贡，使者赠送礼物给官吏们，书写时用干支纪年。苏轼拒绝接受礼物说“：高丽对本朝称臣，但不接受本朝颁布的年号历法，我怎么敢接受他们的礼物！”使者改写为熙宁年号，然后苏轼才接受了礼物。
当时新政天天下达，苏轼在这中间，每每借行新法之际方便百姓，百姓赖之以得到安定。调任密州知州。司农寺推行手实法，不按时实行的官吏以违反法令论处。苏轼对提举官说“：违反法令的罪名，如果出自朝廷，谁敢不遵从？现在出于司农寺，这是擅自制造法律。”提举官惊慌地说“：您暂且慢慢施行。”不久朝廷知道手实法危害百姓，废除了它。
有盗贼案发生，安抚司派三班使臣率领强悍兵士前来搜捕，兵士凶暴放纵行事，甚至用藏有违禁物品来诬陷百姓，进入百姓家中争斗杀人，又畏罪惊慌溃散，将要作乱。百姓急忙跑去告诉苏轼，苏轼扔掉百姓的投诉书不看，说：“一定不会到这样的地步。”溃散的兵士听说此事后，稍稍安定，苏轼慢慢派人查出肇事的兵士杀了。
调任徐州知州。黄河在曹村决口，使梁山泊泛滥，南清河水溢出故道，洪水汇聚在徐州城下，暴涨的洪水不时泄出，城墙即将被洪水冲毁，富有的百姓争相出城躲避洪水，苏轼说：“富民出城，全城百姓都会动摇，我和谁来守城？我在这里，洪水决不能冲毁城墙。”驱使富民重新回到城里。苏轼到武卫营，呼喊士兵长官说“：河水即将冲毁城墙，事情危急，虽然你们是禁军，但也请你们为我尽一点力。”士兵长官说“：太守尚且不躲避路上的洪水，我辈小人，应当效命。”带领他的士兵们拿着畚箕铁锹出来，修筑东南长堤，头起戏马台，尾连着城墙。雨日夜不停地下，城墙露出水面仅仅只有三版那么高。苏轼搭建小草屋住在城墙上，路过自己家门也不进去，派官吏分别堵塞缺口以守护城墙，终于保全了徐州城。又请求征调明年夫役增筑徐州旧城，修建木质护岸，以防洪水再来。朝廷同意了他的请求。
调任湖州知州，苏轼上表感谢。又因为一些事不方便百姓但又不敢说，他写诗寄托讽喻，希望对国家有所补益。御史李定、舒。。、何正臣摘录苏轼谢表上的话，并且诬陷苏轼所写的诗是毁谤朝廷，逮捕苏轼押送京城投入御史台监狱，想置他于死地，罗织罪名很长时间却一直不能决断。惟独神宗怜惜苏轼，用黄州团练副使安置了他。苏轼和乡里父老结伴于山水之间，他在东坡修筑房屋，自号“东坡居士”
元丰三年(1080)，神宗几度有意再次起用苏轼，但被当政的大臣阻止了。神宗曾对宰相王王圭、蔡确说：“国史至关重要，可以命苏轼撰成国史。”王王圭面有难色。神宗说：“苏轼不可用，姑且用曾巩。”曾巩进上太祖总论，神宗意思不满意，于是亲自写信把苏轼调到汝州，其中这样说“：苏轼贬谪居住期间反思自己的错误，经过一年更加深刻，人材确实难得，不忍心一直弃而不用。”苏轼还没有到达汝州时，上书说自己饥寒贫穷，在常州有田地，希望能到常州居住。早晨上奏，傍晚皇帝就答复同意了。
路过金陵，见到王安石，苏轼说“：兴大兵起大狱，是汉、唐灭亡的征兆。祖宗以仁厚治理天下，正是想革除它。现在西方打仗，连年不得解除，东南几次兴起大狱，您独不能说句话来制止它吗？”王安石说：“这两件事都是吕惠卿挑起的，我在朝廷外面，怎么敢说话？”苏轼说：“在朝廷就说，在朝廷外就不说，这是侍奉皇帝的常礼。皇帝对待您的不是常礼，您对待皇上，怎么可以用常礼呢？”王安石大声说：“我王安石要说话的。”又说“：话出自我王安石之口，进入你苏子瞻的耳朵。”又说“：一个人要知道做一件不义的事，杀一个无辜的人，虽能得到天下也不去做，这才可以。”苏轼开玩笑说：“现在的君子，争着要减半年磨勘，虽去杀人也会干的。”王安石笑而不答。
苏轼到常州时，神宗去世，哲宗即位当皇帝，恢复苏轼为朝奉郎、登州知州，召入朝廷任礼部郎中。苏轼过去与司马光、章。。友好。当时司马光任门下侍郎，章。。知枢密院，二人意见不合，章。。经常开玩笑侮辱围困司马光，司马光对此很苦恼。苏轼对章。。说“：司马君实现在声望很高。以前许靖因为只有虚名而没有实际才能，为蜀先主鄙视，法正说‘：许靖虚假的名声，在四海流传，如果对他不加礼遇，必然会被认为轻视贤人而受到损害。’先主采纳了他的意见，就让许靖担任司徒。许靖尚且不可轻慢，何况是君实呢。”章。。认为苏轼说得对，司马光借此得以稍稍安定。
升任起居舍人。苏轼起自忧患之中，不想立即进入要害部门，他向宰相蔡确要求辞去这一职务。蔡确说“：您在仕途盘旋已经很久了，朝廷中没有人能超过您。”苏轼说“：以前林希与我同在馆阁中，而且他年纪比我大。”蔡确说：“林希果真应当比你先提拔吗？”最终还是不同意。元。。元年(1086)，苏轼穿戴七品官服入延和殿侍奉皇帝，哲宗立即赐给苏轼用银装饰的红色六品官服，升为中书舍人。
起初，祖宗时，差役法实行的时间长了产生弊病，百姓中服役的人却不习惯所服的差役，官府又残暴地役使他们，导致多数人破产，地多人少的地方有人终年得不到休息。王安石在神宗朝任宰相时，把差役法改为免役法，根据户等的高低让他们出钱雇人服役，执行免役法的官吏向百姓索取超过规定的钱财，因此免役法成了百姓的祸患。司马光任宰相，知道免役法的危害，而不知它有利的一面，打算恢复差役法，选派官吏和设置机构，苏轼被选中。苏轼说：“差役法、免役法，各有利弊。免役法的害处，在于聚敛民财，百姓十室九空。聚敛于上而下面却有钱荒之害。差役法的害处，在于百姓常在为官府服役，不能集中力量务农，而贪官污吏得以乘机敲榨勒索。这二者危害的轻重程度，大致相等。”司马光说“：你说怎么办呢？”苏轼说“：法令制度连续相承事情就容易成功，事情渐渐变化百姓就不会惊慌。三代的制度，兵农合一，到秦朝才分为二，等到唐朝中叶，把府兵全部改变为长征健儿，自从那时以来，百姓不知道当兵，当兵的也不知道务农，农民出粮食布帛养活军队，军队出性命保卫农民，天下都感到方便。即使圣人再出现，也不能改变这种情况。现在的免役法，实际上大致和这一样。您想立即废除免役法而实行差役法，正好像废除了长征健儿而恢复府兵，不容易吧？”司马光听了不以为然。苏轼又到政事堂陈述自己的意见，司马光很不高兴。苏轼说“：过去韩魏公在陕西招纳义勇，您任谏官，为此事争辩得十分激烈，韩公不高兴，您也不顾。我过去听您讲这事的详细情况，难道您今天做了宰相，就不允许我讲完自己的意见吗？”司马光笑笑。不久苏轼被任命为翰林学士。
元。。二年(1087)，苏轼兼任侍读。每当给皇帝读书读到治乱兴衰、邪正得失的时候，无不反复开导皇帝，希望对皇帝有所启发醒悟。哲宗虽然恭敬而沉默不语，但总是点头肯定。苏轼曾给哲宗读祖宗宝训，因此讲到时事，苏轼说：“现在赏罚不分明，对善恶没有什么鼓励或阻止的措施，又有黄河大势正向北流，然而强行使它向东流；西夏人入侵镇戎军，杀死掠走几万人，军队主帅不向陛下报告。如果每件事都是这样的话，恐怕会渐渐成为衰乱的开端。”
苏轼曾经锁在皇宫宿值，奉召入对便殿，宣仁太后问他说：“你前年任什么官职？”苏轼回答说：“我任常州团练副使。”宣仁太后问“：现在担任什么官职？”苏轼回答说“：我现在担任翰林学士。”宣仁太后问“：为什么被迅速提升到这个官职？”苏轼回答说：“我遇到了太皇太后、皇帝陛下。”宣仁太后说：“不是。”苏轼说“：难道是大臣们推荐的？”宣仁太后说“：也不是。”苏轼吃惊地说“：我虽然不肖，但也不敢通过其他途径来得到提升。”宣仁太后说“：这是先帝的意思。先帝每次诵读你的文章，一定感叹地说：‘奇才，奇才！’只是没来得及提拔任用你罢了。”苏轼不觉痛哭失声，宣仁太后与哲宗也哭泣，左右侍从也感动得泪下涕流。过了一会儿让苏轼坐下喝茶，撤下皇帝御前的金莲烛送苏轼回到学士院。
元。。三年，苏轼权知礼部贡举。适逢大雪纷飞十分寒冷，参加贡举考试的士人坐在庭院中，噤冷得说不出话。苏轼放宽对他们的禁约，使他们得以施展自己的全部才能。巡铺内侍每每折辱应试的举人，并且拿举子文章中意思暧昧的单词，诬陷为罪状，苏轼全部上奏朝廷赶走了他们。
元。。四年，因为积久评论政事，苏轼为当权大臣所恼恨。苏轼担心不被大臣宽容，请求出任地方官，任龙图阁学士，知杭州。还没走，谏官说前任宰相蔡确知安州时，写诗借郝处俊事来讥讽太皇太后。大臣们讨论把蔡确迁到岭南。苏轼秘密上疏说“：朝廷如果从轻处罚蔡确的罪行，那么对皇帝以孝治国来说是不够的；如果从重处罚蔡确的罪行，那么对于太皇太后的仁政不免有些损害。我认为应该是皇帝降旨设置诏狱逮捕蔡确治罪，然后太皇太后出示亲笔诏令赦免他，那么仁孝两个方面都照顾到了。”宣仁太后内心赞同苏轼建议却不能采纳。苏轼到京城郊外，哲宗沿用前任执政大臣的恩例，派内侍赐给苏轼龙茶、银合，慰劳很优厚。
不久苏轼到杭州，杭州大旱，饥馑瘟疫一起发生。苏轼向朝廷请求，减免本路上供米三分之一，又得到赐给剃度和尚的度牒，换成大米来救济饥饿的百姓。第二年春天，又减价出卖常平米，做了很多的厚粥和汤药，派人带着医生分街坊给百姓治病，救活了很多人。苏轼说：“杭州，水陆交会的地方，因瘟疫死亡的人常常比其他地方多。”于是集中多余的公款二千缗，苏轼又拿出自己的黄金五十两，办起病坊，稍微积蓄一些钱粮收治有病的百姓。
杭州本来靠近大海，地下的泉水又苦又咸，居民稀少。唐代杭州刺史李泌首先引来西湖水修建六井，百姓饮用水充足了。白居易又疏浚西湖水引入运河，湖水自运河流入农田，所灌溉的农田达千顷，百姓因此殷富。西湖水中水草很多，自唐代到五代钱氏，年年都要疏浚治理，宋朝建立后，不再疏浚治理，水草淤积形成封田，湖水几乎没有了。运河失去西湖水的补给，就从钱塘江的潮水中引水，船航行在城市中，湖水又挟带大量的泥沙淤积运河，每隔三年就得淘一次，成为百姓的一大灾害。六井也几乎被废坏了。苏轼看到茅山有一条河专门容纳钱塘江潮水，盐桥有一条河专门容纳西湖水，于是疏浚这二条河道以通航。再修造堤堰闸门，控制西湖水的蓄积与排泄，钱塘江潮水不再进入杭州城内。又用剩余的人力修复了六井，再把挖出来的淤泥堆积在西湖中，南北长三十里，修筑成长堤以来往行人。吴地百姓种菱，春天就除草，不留寸草。苏轼又雇募人力在西湖中种菱，水草不再生长。把种菱的收入备作以后修浚西湖的费用，取救济荒灾剩余的一万缗钱、万石粮食；以及申请得到的一百张僧人度牒用来雇募民工。长堤筑成，在堤上种植芙蓉、杨柳，望去好像图画，杭州人把长堤命名为苏公堤。
杭州和尚净源，原来居住在海边，与海船客商交往，海船到高丽，客商交口称赞他。元丰末年(1085)，高丽王子义天来宋朝拜，因而前往净源住处拜访。到这时，净源死了，他的门徒偷偷地拿着他的遗像，搭海船前往高丽报告。义天也派他的门徒来祭奠净源，并且拿着高丽国母的两座金塔，说是祝两宫太后寿辰。苏轼不接受，上奏说：“高丽很久不进贡了，失去了朝廷赐给他们的厚利，他们的意图是想要求朝贡，但不了解我们对待他们的厚薄，所以借祭奠死去的和尚而行祝寿之礼。如果接受他们的贺礼而不回报他们，高丽将会产生怨恨的思想；接受贺礼而厚赐他们，又正好堕入他们的计策中。现在朝廷应该不参予这件事，让州郡自行以理由拒绝他们的礼物。那些平庸的和尚狡猾的客商，给国家挑起事端，这种事不可渐长，应该痛加惩治。”朝廷完全同意苏轼的意见。不久，来进贡的高丽使臣果然到了，按旧例使臣所到的吴越七个州，要花费二万四千余缗钱。苏轼于是命令各州根据情况裁减开支，百姓获得交易的好处，再也没有受到侵扰的危害。
浙江潮自海门东来，势如雷霆，而浮山屹立在江中，与渔浦各山犬牙交错，水流相激，漩涡回旋，每年损坏的公私船只不可胜数。苏轼建议自浙江上游名叫石门的地方，沿山向东，开凿成运河，引浙江及溪谷各水二十多里到达钱塘江。又沿山作河岸，不出十里到达龙山大慈浦，自浦北转弯抵达小岭，开凿六十五丈山岭通达岭东古河，疏浚古河几里到达龙山漕河，以避开浮山之险。人们认为便利。奏章上报朝廷，有厌恶苏轼的大臣，极力阻止这个计划，因此凿河工程没有完成。
苏轼又说：“三吴地区的水，蓄积形成太湖的水，溢出形成松江流入大海。大海每天两次潮汐，潮水浑浊而江水清澈，潮水常常要淤塞松江水道，然而江水清澈流速快，随即就把泥沙冲走，出海口经常是通畅的。因此吴中地区很少有水灾。过去苏州以东地区，公私船只都用竹篙撑行，没有在陆地背纤行船的。自庆历年间以来，松江大筑背纤的道路，修建长桥扼塞松江水道，所以现在三吴地区多水灾，我打算凿平背纤道路，修建千桥，以加快江水的流速。”这个建议也没有被采纳，人们都感到很遗憾。苏轼二十年间两次到杭州任官，因他对杭州百姓有恩德，百姓家中有他的画像，吃饭时一定要在像前祝福。又修建苏轼生祠以报答他的恩德。
元。。六年，苏轼被召为吏部尚书，还没有到任。因为弟弟苏辙任尚书右丞，苏轼改任翰林承旨。苏辙推辞尚书右丞的职务，想和兄长苏轼一同担任侍从官，朝廷没有同意。苏轼到翰林院几个月，又因为谗言请求出任地方官，于是以龙图阁学士出知颍州。以前，开封府各县多水灾，地方官吏不深究造成水灾的原委，挖开陂泽，把水注入惠民河，惠民河容纳不下，造成陈州也多水灾。又打算凿开邓艾沟与颍河勾通。并且开凿黄堆想把水引入淮河。苏轼才到颍州，派官吏用水平器测量地形高低，淮河涨水时水位高出新沟几乎有一丈，如果开凿黄堆，淮水将倒灌颍州地区造成水灾。苏轼向朝廷说了自己的意见，朝廷同意了。
颍州有长期做盗贼的尹遇等人，几次抢劫杀人，又杀死捕盗的官吏兵士。朝廷用名捕捉拿他也没有擒获，被害家属又害怕他再次加害，躲避不敢说。苏轼召来汝阳县尉李直方说“：你能擒获尹遇，我当力荐于朝廷，要求从优奖赏；抓不到他，我也要以不称职奏免你的官职。”李直方家有母亲而且已经年老，他和母亲诀别后就出发了。于是李直方侦察得知盗贼所在的地方，分派人力捕获尹遇的党羽，他自己亲手戟击了尹遇，擒获了他。朝廷以事情太不符合奖赏的规定，推赏时没有赏到李直方。苏轼请求以自己的年资劳绩，应当改官阶为朝散郎，把它作为对李直方的奖赏，朝廷没有同意。后来吏部认为苏轼应当升官，以符合苏轼的考绩，苏轼说已经许给李直方了，又没有得到答复。
元。。七年，调任扬州。过去发运司主管东南漕运，听任掌船的人私载货物，征收商税的部门不得留他们。因此掌船的人往往富厚，他们以官船为家，修补官船损坏的地方，并且周济船夫短缺，所以运载的货物到达目的地既迅速又没有损失。近年来禁止一切私载货物，因此船破损人穷困，船夫多盗窃所运载的官物来接济饥饿贫寒的生活。公私都受害，苏轼请求恢复原有的制度，朝廷同意了。没过一年，朝廷以兵部尚书的职务召苏轼入京，兼任侍读。
这一年，哲宗亲自到南郊祭祀，苏轼担任卤簿使，引导圣驾进入太庙。有十几辆打着红伞的牛车和十多辆打青盖的牛车抢争道路，不躲避皇帝的仪仗队。苏轼派御营巡检使询问他们，竟是皇后和大长公主。当时御史中丞李之纯任仪仗使，苏轼说：“中丞的责职应当是严肃政纪，不能不把这件事报告皇帝。”李之纯不敢说，苏轼在车中把这件事报告了皇帝。哲宗派使臣捧着书信骑马告诉太皇太后，第二天，下诏整肃皇宫仪卫，自皇后以下都不得迎接接见。不久苏轼升任礼部兼端明殿、翰林侍读两学士，任礼部尚书。高丽派使臣请求朝廷给他们一些书籍，朝廷沿用成例全部同意了他们的请求。苏轼说“：汉朝东平王请求朝廷赐给他诸子及太史公书，朝廷尚且不肯给予。现在高丽所要求的书籍，远远超过了汉东平王的请求，难道可以给他们吗？”朝廷没有接受他的意见。
元。。八年，宣仁太后去世，哲宗亲政。苏轼请求出外任地方官，以两学士的身份出知定州。当时国家大计方针即将发生变化，苏轼没能入宫向皇帝辞行。已经上路赴任时，苏轼上书说：“天下治乱，由于下情上达的道路是畅通还是堵塞所决定。天下大治时，普通百姓的意见都能自由通达朝廷；等到天下大乱时，即使是皇帝的近臣也不能将自己的意见进给皇帝。陛下即位已经九年了，除了执政大臣、台谏官外，不曾与大臣们接触。现在陛下刚开始亲自处理政务，应当把了解下情、清除阻塞作为急务。我每天侍奉在宫中，现在正要去戍守边境，却不能见陛下一次就动身了，何况疏远的小官们想要把自己的意见报告给陛下，那就更困难了。然而我不敢因为不得与陛下答对的缘故，不报效自己的愚忠。古代的圣人将有作为的时候，必然先处在暗处而观察明处，处在静止而观察动态，那么万物的情形，全部摆在面前。陛下的智慧超人，年龄正当盛年，我希望陛下虚心循理，一切不要有所作为，暗自观察各种事物的利与弊，以及大臣们的邪与正。以三年为期限，等得到实际情况，然后顺应事物采取措施。要使有了作为之后，天下没有怨恨，陛下也不后悔。由此看来，陛下有所作为，只担心太早，不担心稍迟，这已是很明显的了。我恐怕急功好利的大臣们，就要劝陛下轻率地有所改变，因此进呈了上述意见，冒昧地企望陛下留神，则是国家宗庙的福运，天下的大幸。”
定州军政败坏松弛，兵士们骄惰不服教诲，军校们蚕食士卒的口粮和赏赐的财物，前任地方官也不敢把他们怎么样。苏轼把贪污的军官发配到远恶的地方，修缮营房，禁止饮酒赌博，这样军中衣服粮食稍稍充足了一些，于是用战法部署约束士兵，士兵都畏服他。然而军校们害怕不安，有卒史拿着赃物控告他的长官，苏轼说：“这件事我自己处理是可以的，听任你告状，会在军队中造成混乱。”立即把他判决流放，于是大家才安定。
适逢春天大检阅，将校官吏们很长时间废除了上下级的名分，苏轼命令全按旧有的规章制度，主帅穿平常的服装到帐中来，将校官吏穿军装供给使令。副总管王光祖自认为是老将，觉得这样做耻辱，假装生病不来。苏轼叫来书吏，让他起草奏章，王光祖惧怕而出来参加阅军，检阅结束，没有一个怠慢的人。定州的人说：“自从韩琦走后，一直到今天没有见过这种检阅礼了。”与契丹和平已久，边兵已不能用。只有边境一带的弓箭社与敌寇相邻，因战射自卫，尚可称精锐。已故宰相庞籍守卫边境时，因当地风俗立法。年代久远法令弛废，又被保甲法所阻挠。苏轼上奏朝廷免除保甲法和两税折变、摊派，没有得到朝廷的答复。
绍圣初年(1094)，御史弹劾苏轼执掌内外制命的时候，所起草的制词诰命，是讥讽指斥先朝。于是苏轼以本官知英州，不久降一官，苏轼还没有到达英州，被贬为宁远军节度副使，安置在惠州居住。苏轼在惠州居住了三年，心境淡泊而没有什么怨恨不快，人不论聪明的和愚笨的，都得到他的欢心。又被贬为琼州别驾，在昌化居住。昌化，旧儋耳郡地，不是人所能居住的地方，药物、调补品都没有。开始时苏轼租赁官屋居住，官吏还说不可以，苏轼于是买地建房，儋耳百姓搬砖运土帮助他。苏轼独自和小儿子苏过相处，以著书为乐，常常和当地的父老乡亲交往，好像要在这里终老一生。
徽宗即位当皇帝，苏轼迁移到廉州，改任舒州团练副使，又迁徙到永州。经过三次大赦，苏轼于是提举玉局观，恢复为朝奉郎，元。。年间以来，不曾因为每年的考课要求升官，所以他的官职停止在此。建中靖国元年(1101)苏轼在常州逝世，终年六十六岁。
苏轼与弟弟苏辙，以父亲苏洵为老师学习写文章，而他们文学才能得自天赋。苏轼自己曾说“：写文章好比行云流水，开始时没有一定的形态，但是文章要常行在它所应当行的时候，止在它不可以不停止的地方。”即使是嬉笑怒骂的辞句，也都可以写下来诵读。苏轼的文章广大深沉光芒四射，雄视百代，自有文章以来，也很少有像他那样的文章。苏洵晚年读易，撰写易传没有完成，命苏轼继承他的遗志。苏轼撰写成易传，又撰写了论语说；后来居住在海南，撰写书传；又有东坡集四十卷、后集二十卷、奏议十五卷、内制十卷、外制三卷、和陶诗四卷。同时代的文人如黄庭坚、晁补之、秦观、张耒、陈师道，还没有被社会所了解时，苏轼对待他们好比朋友同辈，不曾以老师的资格自居。
苏轼自为举子到出入宫廷担任侍从，必定以爱君作为根本，忠规直论，正直大节，大臣们没有谁能超过他。但是被小人妒忌排挤，不让他安处朝廷上做官。
高宗即皇帝位，赠苏轼为资政殿学士，以他的孙子苏符任礼部尚书。又把苏轼的文章放在身边，整天读他的文章以致忘记了疲倦，认为是文章之宗，亲自写了东坡集赞，赐给苏轼的曾孙峤。于是赠苏轼为太师，谥“文忠”苏轼有三个儿子：苏迈、苏迨、苏过，都善于写文章。苏迈，任驾部员外郎。苏迨，任承务郎。
至于说贡举制度，已实行了百年之久，国家的治乱兴衰，当初就不由此决定。陛下看祖宗时代，贡举制度，和现在的相比哪时更精审？文章著作，和现在相比哪时更优秀？得到的人才，和现在相比哪时更多？天下的事情，与现在相比哪时更得到治理？比较这四方面的优劣长短，这次讨论就可以得出结论了。
“现在想改变的不过几件事：或者说乡试重视德行而忽略文词，或者说专取策问和议论而废除诗赋，或者想兼采声誉人望而废除封弥制度，或是想让参加考试儒家经典著作的考生不考试帖经墨义而考试经书的要旨，这是只知其一、不知其二的做法。我希望陛下注意长远的事情、大的事情，区区科举、学校制度何必参预呢？我又切实有超过正常估计的暗自忧虑之点。关于性命的学说，自从子贡那时就没有听说了，然而今天的学者，却以不谈性命为耻，读他们的文章，浩瀚无边，下无底当，上无篷盖，真是不可穷尽；看他们的容貌仪表，超脱世俗，无所附者，如清泉夏露，不可掬挹，这怎么真能如此呢？一般人的习性，安于放纵自己而喜欢说大话。陛下又怎么能任用他们呢？”
苏轼的奏疏呈上之后，神宗醒悟说：“我本来怀疑这件事，读了苏轼的奏议，思想上的疑虑消失了。”当天召见苏轼，问道“：现在政令的得失在哪里？即使是我的过失，你也可以指明陈述出来。”苏轼回答说：“陛下天性具有文武才能，不担心陛下不明察，不担心陛下不勤奋，不担心陛下不果断，但是担心陛下求治太急迫，听他人的话太广，提拔人太快。希望陛下以安静来镇住局面，待事情发生，然后再应付它。”神宗吃惊地说“：你所说的三句话，我当要周密考虑。凡是在馆阁任职的人，都应该为我深入思考治乱问题，不要有所隐瞒。”苏轼退出后，把召见的情况向同僚们说了。王安石不高兴，任命苏轼权开封府推官，想用事务来困住苏轼。苏轼决狱断案精审敏捷，名声越传越远。恰逢上元节皇帝敕令开封府购买浙江的灯，而且下令压低价格。苏轼上疏说“：陛下难道是用灯取乐？这不过是让两宫太后高兴罢了。然而百姓不可能家家知晓陛下的心意，都说是用听的看的一类不急需的玩物，夺取他们吃的、穿的生活必需品。这件事很小，对国家大体却影响很大，希望陛下追还前面下达的敕令。”皇帝立即下诏停止买灯。
当时王安石开始颁行新法，苏轼上书论新法不便，说：
“我所要说的，仅三句话而已。希望陛下凝聚人心，敦厚风俗，保存纪纲。皇上可以凭借的是人心而已。好比树木有根，灯有油，鱼有水，农夫有田，商贾有财。失去这些东西就会败亡，这是必然的道理。从古到今，没有和悦同其众而不安定的。刚愎自以为是而不危险的。陛下也知道现在人心是不快乐的。
“祖宗开国以来，管理财政开支的不过是三司。现在陛下不把财政开支交给三司管理，无缘无故又创建制置三司条例司这一机构，让六七名少年，日夜在里面谋划索取，使者四十余人，在外面分到各地经营办理。制置三司条例司，是求利的名称；六七少年与四十多名使者，是求利的工具。开始时声势浩大，百姓实在惊疑，创立的各法新奇古怪，官吏也都感到疑惧。以大国之主来谈利，以天子的宰相来治财，议论百出，万人喧哗，然而仍不回头，光是空说：‘我没有做这种事，何必怕人们说三道四。’拿着渔网到江河湖泊去，对人说‘我不是去打鱼’，不如舍弃渔网而人们自然相信。驱赶着鹰到森林里去，对人说‘我不是打猎’，不如放走鹰犬而野兽自然驯服。所以我认为要消除谗言恶语而召来和气，就不如废除制置三司条例司。
“现在皇帝和大臣们勤于政务，已经快一年了，然而富强国家的功效，渺茫好比捕风捉影，光听说内库钱拿出来数百万，祠部准许剃度五千多人出家罢了。用这来作为办法，那么谁不能呢？然而要实行的事情，大家都知道它的困难，汴水浑浊，自有百姓以来，不用来种植水稻。现在打算修筑陂塘使水澄清，种万顷地的水稻，必须使用千顷面积的陂塘，一年一淤积，三年陂塘就淤满了。陛下于是相信这种说法，立即派人察看地形，到处凿空，访寻水利，狂妄轻飘的人，任意争相进言。有关衙门虽然知道他们的办法粗疏，却不敢自行贬退他们，把年老的和年少的人追集起来，去察看他们所说的是否可行。假如不是明显难以办理的，就必须动工兴建。官吏苟且顺从，真的以为是陛下有意兴建，上耗费国库的钱财粮食，下误农时。万一堤防决口，河水冲出原来的河道，即使吃提出建议的人的肉，对于百姓有什么补救！我不知道朝廷何苦要做这件事？
“自古以来役使人，必然使用乡村农户。现在但听说江、浙之间，有几个州郡雇募役人，而且想把这一做法推行于全国。单丁、女户，是百姓中最穷苦的人，然而陛下首先想要役使他们，陛下富有四海，怎么忍心不加以抚恤！自从杨炎推行两税法，田租户调和庸役就已包括在一起了，如何又要征取庸役呢？万一后世不幸有搜括百姓钱财的大臣，庸役钱没有被废除，而差役照旧，推究其根源，就必然会有担当这罪责的人。青苗时放债钱，自古代就有禁令。现在陛下开始把它立为成法，每年都要推行。虽然说不许强迫百姓借贷交息，但几代之后，暴君污吏，陛下能保证他们不这样做吗？估计愿意借青苗钱的农户，肯定都是孤苦贫困没有接济的人，鞭挞他们急了之后，他们就要接着逃亡，这些人不还青苗钱，就由邻居互保户均摊，这种情况是必然的发展势头，将来天下百姓会痛恨青苗法。国史记载这件事，说：‘青苗钱自陛下开始。’难道不可惜？况且常平法，可以说是非常完备了。现在想改变为青苗法，破坏常平法推行青苗法，所丧失的更加多了，亏了官府害了百姓，即使后悔又怎么来得及！
“过去汉武帝因为财力匮乏枯竭，采用商人桑羊的建议，便宜买进高价卖出，称为均输。在当时行商坐贾都不流通，盗贼滋生势盛，几乎导致动乱。孝昭帝即位当了皇帝，霍光顺应百姓所想要的而给予他们，天下百姓都归向朝廷，于是天下无事。不料今天这种论调重新兴起。立法的初期，其费用已经很多，纵使稍稍有什么收获，但征收商税的数额，损失的必然很多。譬如有人替他的主人放牧牲畜时，用一头牛换五只羊，一头牛的损失，就隐瞒而不说，五只羊的收获，却指为功劳成绩。现在破坏常平法而说青苗法的功劳，亏损商税来获取均输的利益，与上面所举的例子有什么不同？我私下认为太过份了。议论的人必然会说‘：可以和百姓一起享受成功的快乐，难以和他们一起谋划创始。’所以陛下坚持实行而不顾反对意见，期望这些新法必然得以推行。这正是战国时代贪图功利的人，冒险侥幸的观点，没有等到成功的快乐，怨恨却已经起来了，我之所以希望陛下凝聚人心，正在于此。
“国家之所以生存和灭亡的原因，在于道德的高低，不在于国家的强弱；改朝换代之所以有长有短，在于风俗的轻薄敦厚，不在于国家的富有与贫穷。皇帝知道了这个道理，就知道哪个轻哪个重了。因此我希望陛下务必崇尚道德而敦厚风俗，不希望陛下急于取得成功而希图富强。爱惜风俗，好比保护人的元气一样。圣人不是不知道严峻刻薄的法律可以使百姓整齐划一，勇猛强悍的男子可成就事业，忠厚近似迂阔，老成初看好像迟钝。但终究不肯以彼代此，是因为知道所得到的小，而所丧失的大。仁宗皇帝执法非常宽厚，用人按次序，专意从事掩过盖失，不曾轻易改变旧的典章制度。考察他的成功，只能说还没有得到。说到用兵，那么十次出征九次失败；说到国库，那么仅仅满足需要而没有剩余。仅仅因为恩泽存在百姓之中，民间风俗懂得大义，因此仁宗皇帝升天之日，天下归于仁。议论的人见仁宗皇帝晚年官吏大多因循守旧，政事没有什么起色，就想以苛细急察的办法加以矫正，用智谋和才能加以划一，招来新提拔的人勇于急进的人，以求取得一切速成的效果。还没有享受到它的好处，浮薄的风气已经形成。多开迅速提拔官员的门径，假使有意外收获，一步就可得到公卿侍从这样的官职，使得按常规升迁的人也产生非份之想，想到期望风俗敦厚，哪里可能得到呢？近年直率纯厚的人越来越少，投机取巧得到提拔的人越来越多。只有陛下痛惜这种状况挽救这种风气，以简单易便为立法的标准，以清静作为思想的出发点，百姓的道德就会归向敦厚了。我之所以希望陛下敦厚风俗，原因就在于此。
“祖宗委任台谏官，不曾处罚过一位进谏的人，即便有轻微责罚，不久就越级提升，允许台官根据传闻弹劾，而御史台和谏院都不设第一把手。进谏时说到皇帝，那么天子改变仪容；弹劾之事牵涉到朝廷，那么宰相暂离相位等待调查。台谏官固然未必个个是贤人，所说的也未必都是正确的。然而必须培养他们的锐气，借用他们来使掌权者感到压力沉重，这是空话吗？将用他们摧折奸臣的萌芽。现在法令严密，朝廷清明，所谓的奸臣，万万没有存在的道理。然而养猫是为了捕捉老鼠，不能因为没有老鼠而养不捕捉老鼠的猫；养狗是为了防盗，不能因为没有盗贼而养不叫的狗。陛下怎能不上念祖宗设立此官职的用意，下为子孙后代作好永久的防备？我听到老年人的谈话，都说台谏官所讲的，常常是随着天下公论。公论所赞许的，台谏官也赞许；公议所抨击的，台谏官也抨击。现在舆论沸腾，怨恨毁谤交替而来，公议所在之处，也可知道了。我恐怕从今以后，习惯成风气，台谏官都成为执政大臣的私人工具，以致皇帝孤立，纪纲一旦坏乱，什么事情不会发生？我之所以希望陛下保存纪纲法度，原因也正在于此。”
苏轼见王安石力赞神宗独断专行和专用大臣，因此在考试进士策论出题时，用“晋武帝平定东吴因为独自决断而成功，苻坚伐晋因为独自决断而亡国，齐桓公专意任用管仲而称霸，燕哙专用子之而失败，事情相同而结果不同”作为问题，王安石更加恼怒，让御史谢景温弹劾苏轼的过失，但一再追究一无所得，苏轼于是请求出任地方官，任杭州通判。高丽来朝进贡，使者赠送礼物给官吏们，书写时用干支纪年。苏轼拒绝接受礼物说“：高丽对本朝称臣，但不接受本朝颁布的年号历法，我怎么敢接受他们的礼物！”使者改写为熙宁年号，然后苏轼才接受了礼物。
当时新政天天下达，苏轼在这中间，每每借行新法之际方便百姓，百姓赖之以得到安定。调任密州知州。司农寺推行手实法，不按时实行的官吏以违反法令论处。苏轼对提举官说“：违反法令的罪名，如果出自朝廷，谁敢不遵从？现在出于司农寺，这是擅自制造法律。”提举官惊慌地说“：您暂且慢慢施行。”不久朝廷知道手实法危害百姓，废除了它。
有盗贼案发生，安抚司派三班使臣率领强悍兵士前来搜捕，兵士凶暴放纵行事，甚至用藏有违禁物品来诬陷百姓，进入百姓家中争斗杀人，又畏罪惊慌溃散，将要作乱。百姓急忙跑去告诉苏轼，苏轼扔掉百姓的投诉书不看，说：“一定不会到这样的地步。”溃散的兵士听说此事后，稍稍安定，苏轼慢慢派人查出肇事的兵士杀了。
调任徐州知州。黄河在曹村决口，使梁山泊泛滥，南清河水溢出故道，洪水汇聚在徐州城下，暴涨的洪水不时泄出，城墙即将被洪水冲毁，富有的百姓争相出城躲避洪水，苏轼说：“富民出城，全城百姓都会动摇，我和谁来守城？我在这里，洪水决不能冲毁城墙。”驱使富民重新回到城里。苏轼到武卫营，呼喊士兵长官说“：河水即将冲毁城墙，事情危急，虽然你们是禁军，但也请你们为我尽一点力。”士兵长官说“：太守尚且不躲避路上的洪水，我辈小人，应当效命。”带领他的士兵们拿着畚箕铁锹出来，修筑东南长堤，头起戏马台，尾连着城墙。雨日夜不停地下，城墙露出水面仅仅只有三版那么高。苏轼搭建小草屋住在城墙上，路过自己家门也不进去，派官吏分别堵塞缺口以守护城墙，终于保全了徐州城。又请求征调明年夫役增筑徐州旧城，修建木质护岸，以防洪水再来。朝廷同意了他的请求。
调任湖州知州，苏轼上表感谢。又因为一些事不方便百姓但又不敢说，他写诗寄托讽喻，希望对国家有所补益。御史李定、舒。。、何正臣摘录苏轼谢表上的话，并且诬陷苏轼所写的诗是毁谤朝廷，逮捕苏轼押送京城投入御史台监狱，想置他于死地，罗织罪名很长时间却一直不能决断。惟独神宗怜惜苏轼，用黄州团练副使安置了他。苏轼和乡里父老结伴于山水之间，他在东坡修筑房屋，自号“东坡居士”
元丰三年(1080)，神宗几度有意再次起用苏轼，但被当政的大臣阻止了。神宗曾对宰相王王圭、蔡确说：“国史至关重要，可以命苏轼撰成国史。”王王圭面有难色。神宗说：“苏轼不可用，姑且用曾巩。”曾巩进上太祖总论，神宗意思不满意，于是亲自写信把苏轼调到汝州，其中这样说“：苏轼贬谪居住期间反思自己的错误，经过一年更加深刻，人材确实难得，不忍心一直弃而不用。”苏轼还没有到达汝州时，上书说自己饥寒贫穷，在常州有田地，希望能到常州居住。早晨上奏，傍晚皇帝就答复同意了。
路过金陵，见到王安石，苏轼说“：兴大兵起大狱，是汉、唐灭亡的征兆。祖宗以仁厚治理天下，正是想革除它。现在西方打仗，连年不得解除，东南几次兴起大狱，您独不能说句话来制止它吗？”王安石说：“这两件事都是吕惠卿挑起的，我在朝廷外面，怎么敢说话？”苏轼说：“在朝廷就说，在朝廷外就不说，这是侍奉皇帝的常礼。皇帝对待您的不是常礼，您对待皇上，怎么可以用常礼呢？”王安石大声说：“我王安石要说话的。”又说“：话出自我王安石之口，进入你苏子瞻的耳朵。”又说“：一个人要知道做一件不义的事，杀一个无辜的人，虽能得到天下也不去做，这才可以。”苏轼开玩笑说：“现在的君子，争着要减半年磨勘，虽去杀人也会干的。”王安石笑而不答。
苏轼到常州时，神宗去世，哲宗即位当皇帝，恢复苏轼为朝奉郎、登州知州，召入朝廷任礼部郎中。苏轼过去与司马光、章。。友好。当时司马光任门下侍郎，章。。知枢密院，二人意见不合，章。。经常开玩笑侮辱围困司马光，司马光对此很苦恼。苏轼对章。。说“：司马君实现在声望很高。以前许靖因为只有虚名而没有实际才能，为蜀先主鄙视，法正说‘：许靖虚假的名声，在四海流传，如果对他不加礼遇，必然会被认为轻视贤人而受到损害。’先主采纳了他的意见，就让许靖担任司徒。许靖尚且不可轻慢，何况是君实呢。”章。。认为苏轼说得对，司马光借此得以稍稍安定。
升任起居舍人。苏轼起自忧患之中，不想立即进入要害部门，他向宰相蔡确要求辞去这一职务。蔡确说“：您在仕途盘旋已经很久了，朝廷中没有人能超过您。”苏轼说“：以前林希与我同在馆阁中，而且他年纪比我大。”蔡确说：“林希果真应当比你先提拔吗？”最终还是不同意。元。。元年(1086)，苏轼穿戴七品官服入延和殿侍奉皇帝，哲宗立即赐给苏轼用银装饰的红色六品官服，升为中书舍人。
起初，祖宗时，差役法实行的时间长了产生弊病，百姓中服役的人却不习惯所服的差役，官府又残暴地役使他们，导致多数人破产，地多人少的地方有人终年得不到休息。王安石在神宗朝任宰相时，把差役法改为免役法，根据户等的高低让他们出钱雇人服役，执行免役法的官吏向百姓索取超过规定的钱财，因此免役法成了百姓的祸患。司马光任宰相，知道免役法的危害，而不知它有利的一面，打算恢复差役法，选派官吏和设置机构，苏轼被选中。苏轼说：“差役法、免役法，各有利弊。免役法的害处，在于聚敛民财，百姓十室九空。聚敛于上而下面却有钱荒之害。差役法的害处，在于百姓常在为官府服役，不能集中力量务农，而贪官污吏得以乘机敲榨勒索。这二者危害的轻重程度，大致相等。”司马光说“：你说怎么办呢？”苏轼说“：法令制度连续相承事情就容易成功，事情渐渐变化百姓就不会惊慌。三代的制度，兵农合一，到秦朝才分为二，等到唐朝中叶，把府兵全部改变为长征健儿，自从那时以来，百姓不知道当兵，当兵的也不知道务农，农民出粮食布帛养活军队，军队出性命保卫农民，天下都感到方便。即使圣人再出现，也不能改变这种情况。现在的免役法，实际上大致和这一样。您想立即废除免役法而实行差役法，正好像废除了长征健儿而恢复府兵，不容易吧？”司马光听了不以为然。苏轼又到政事堂陈述自己的意见，司马光很不高兴。苏轼说“：过去韩魏公在陕西招纳义勇，您任谏官，为此事争辩得十分激烈，韩公不高兴，您也不顾。我过去听您讲这事的详细情况，难道您今天做了宰相，就不允许我讲完自己的意见吗？”司马光笑笑。不久苏轼被任命为翰林学士。
元。。二年(1087)，苏轼兼任侍读。每当给皇帝读书读到治乱兴衰、邪正得失的时候，无不反复开导皇帝，希望对皇帝有所启发醒悟。哲宗虽然恭敬而沉默不语，但总是点头肯定。苏轼曾给哲宗读祖宗宝训，因此讲到时事，苏轼说：“现在赏罚不分明，对善恶没有什么鼓励或阻止的措施，又有黄河大势正向北流，然而强行使它向东流；西夏人入侵镇戎军，杀死掠走几万人，军队主帅不向陛下报告。如果每件事都是这样的话，恐怕会渐渐成为衰乱的开端。”
苏轼曾经锁在皇宫宿值，奉召入对便殿，宣仁太后问他说：“你前年任什么官职？”苏轼回答说：“我任常州团练副使。”宣仁太后问“：现在担任什么官职？”苏轼回答说“：我现在担任翰林学士。”宣仁太后问“：为什么被迅速提升到这个官职？”苏轼回答说：“我遇到了太皇太后、皇帝陛下。”宣仁太后说：“不是。”苏轼说“：难道是大臣们推荐的？”宣仁太后说“：也不是。”苏轼吃惊地说“：我虽然不肖，但也不敢通过其他途径来得到提升。”宣仁太后说“：这是先帝的意思。先帝每次诵读你的文章，一定感叹地说：‘奇才，奇才！’只是没来得及提拔任用你罢了。”苏轼不觉痛哭失声，宣仁太后与哲宗也哭泣，左右侍从也感动得泪下涕流。过了一会儿让苏轼坐下喝茶，撤下皇帝御前的金莲烛送苏轼回到学士院。
元。。三年，苏轼权知礼部贡举。适逢大雪纷飞十分寒冷，参加贡举考试的士人坐在庭院中，噤冷得说不出话。苏轼放宽对他们的禁约，使他们得以施展自己的全部才能。巡铺内侍每每折辱应试的举人，并且拿举子文章中意思暧昧的单词，诬陷为罪状，苏轼全部上奏朝廷赶走了他们。
元。。四年，因为积久评论政事，苏轼为当权大臣所恼恨。苏轼担心不被大臣宽容，请求出任地方官，任龙图阁学士，知杭州。还没走，谏官说前任宰相蔡确知安州时，写诗借郝处俊事来讥讽太皇太后。大臣们讨论把蔡确迁到岭南。苏轼秘密上疏说“：朝廷如果从轻处罚蔡确的罪行，那么对皇帝以孝治国来说是不够的；如果从重处罚蔡确的罪行，那么对于太皇太后的仁政不免有些损害。我认为应该是皇帝降旨设置诏狱逮捕蔡确治罪，然后太皇太后出示亲笔诏令赦免他，那么仁孝两个方面都照顾到了。”宣仁太后内心赞同苏轼建议却不能采纳。苏轼到京城郊外，哲宗沿用前任执政大臣的恩例，派内侍赐给苏轼龙茶、银合，慰劳很优厚。
不久苏轼到杭州，杭州大旱，饥馑瘟疫一起发生。苏轼向朝廷请求，减免本路上供米三分之一，又得到赐给剃度和尚的度牒，换成大米来救济饥饿的百姓。第二年春天，又减价出卖常平米，做了很多的厚粥和汤药，派人带着医生分街坊给百姓治病，救活了很多人。苏轼说：“杭州，水陆交会的地方，因瘟疫死亡的人常常比其他地方多。”于是集中多余的公款二千缗，苏轼又拿出自己的黄金五十两，办起病坊，稍微积蓄一些钱粮收治有病的百姓。
杭州本来靠近大海，地下的泉水又苦又咸，居民稀少。唐代杭州刺史李泌首先引来西湖水修建六井，百姓饮用水充足了。白居易又疏浚西湖水引入运河，湖水自运河流入农田，所灌溉的农田达千顷，百姓因此殷富。西湖水中水草很多，自唐代到五代钱氏，年年都要疏浚治理，宋朝建立后，不再疏浚治理，水草淤积形成封田，湖水几乎没有了。运河失去西湖水的补给，就从钱塘江的潮水中引水，船航行在城市中，湖水又挟带大量的泥沙淤积运河，每隔三年就得淘一次，成为百姓的一大灾害。六井也几乎被废坏了。苏轼看到茅山有一条河专门容纳钱塘江潮水，盐桥有一条河专门容纳西湖水，于是疏浚这二条河道以通航。再修造堤堰闸门，控制西湖水的蓄积与排泄，钱塘江潮水不再进入杭州城内。又用剩余的人力修复了六井，再把挖出来的淤泥堆积在西湖中，南北长三十里，修筑成长堤以来往行人。吴地百姓种菱，春天就除草，不留寸草。苏轼又雇募人力在西湖中种菱，水草不再生长。把种菱的收入备作以后修浚西湖的费用，取救济荒灾剩余的一万缗钱、万石粮食；以及申请得到的一百张僧人度牒用来雇募民工。长堤筑成，在堤上种植芙蓉、杨柳，望去好像图画，杭州人把长堤命名为苏公堤。
杭州和尚净源，原来居住在海边，与海船客商交往，海船到高丽，客商交口称赞他。元丰末年(1085)，高丽王子义天来宋朝拜，因而前往净源住处拜访。到这时，净源死了，他的门徒偷偷地拿着他的遗像，搭海船前往高丽报告。义天也派他的门徒来祭奠净源，并且拿着高丽国母的两座金塔，说是祝两宫太后寿辰。苏轼不接受，上奏说：“高丽很久不进贡了，失去了朝廷赐给他们的厚利，他们的意图是想要求朝贡，但不了解我们对待他们的厚薄，所以借祭奠死去的和尚而行祝寿之礼。如果接受他们的贺礼而不回报他们，高丽将会产生怨恨的思想；接受贺礼而厚赐他们，又正好堕入他们的计策中。现在朝廷应该不参予这件事，让州郡自行以理由拒绝他们的礼物。那些平庸的和尚狡猾的客商，给国家挑起事端，这种事不可渐长，应该痛加惩治。”朝廷完全同意苏轼的意见。不久，来进贡的高丽使臣果然到了，按旧例使臣所到的吴越七个州，要花费二万四千余缗钱。苏轼于是命令各州根据情况裁减开支，百姓获得交易的好处，再也没有受到侵扰的危害。
浙江潮自海门东来，势如雷霆，而浮山屹立在江中，与渔浦各山犬牙交错，水流相激，漩涡回旋，每年损坏的公私船只不可胜数。苏轼建议自浙江上游名叫石门的地方，沿山向东，开凿成运河，引浙江及溪谷各水二十多里到达钱塘江。又沿山作河岸，不出十里到达龙山大慈浦，自浦北转弯抵达小岭，开凿六十五丈山岭通达岭东古河，疏浚古河几里到达龙山漕河，以避开浮山之险。人们认为便利。奏章上报朝廷，有厌恶苏轼的大臣，极力阻止这个计划，因此凿河工程没有完成。
苏轼又说：“三吴地区的水，蓄积形成太湖的水，溢出形成松江流入大海。大海每天两次潮汐，潮水浑浊而江水清澈，潮水常常要淤塞松江水道，然而江水清澈流速快，随即就把泥沙冲走，出海口经常是通畅的。因此吴中地区很少有水灾。过去苏州以东地区，公私船只都用竹篙撑行，没有在陆地背纤行船的。自庆历年间以来，松江大筑背纤的道路，修建长桥扼塞松江水道，所以现在三吴地区多水灾，我打算凿平背纤道路，修建千桥，以加快江水的流速。”这个建议也没有被采纳，人们都感到很遗憾。苏轼二十年间两次到杭州任官，因他对杭州百姓有恩德，百姓家中有他的画像，吃饭时一定要在像前祝福。又修建苏轼生祠以报答他的恩德。
元。。六年，苏轼被召为吏部尚书，还没有到任。因为弟弟苏辙任尚书右丞，苏轼改任翰林承旨。苏辙推辞尚书右丞的职务，想和兄长苏轼一同担任侍从官，朝廷没有同意。苏轼到翰林院几个月，又因为谗言请求出任地方官，于是以龙图阁学士出知颍州。以前，开封府各县多水灾，地方官吏不深究造成水灾的原委，挖开陂泽，把水注入惠民河，惠民河容纳不下，造成陈州也多水灾。又打算凿开邓艾沟与颍河勾通。并且开凿黄堆想把水引入淮河。苏轼才到颍州，派官吏用水平器测量地形高低，淮河涨水时水位高出新沟几乎有一丈，如果开凿黄堆，淮水将倒灌颍州地区造成水灾。苏轼向朝廷说了自己的意见，朝廷同意了。
颍州有长期做盗贼的尹遇等人，几次抢劫杀人，又杀死捕盗的官吏兵士。朝廷用名捕捉拿他也没有擒获，被害家属又害怕他再次加害，躲避不敢说。苏轼召来汝阳县尉李直方说“：你能擒获尹遇，我当力荐于朝廷，要求从优奖赏；抓不到他，我也要以不称职奏免你的官职。”李直方家有母亲而且已经年老，他和母亲诀别后就出发了。于是李直方侦察得知盗贼所在的地方，分派人力捕获尹遇的党羽，他自己亲手戟击了尹遇，擒获了他。朝廷以事情太不符合奖赏的规定，推赏时没有赏到李直方。苏轼请求以自己的年资劳绩，应当改官阶为朝散郎，把它作为对李直方的奖赏，朝廷没有同意。后来吏部认为苏轼应当升官，以符合苏轼的考绩，苏轼说已经许给李直方了，又没有得到答复。
元。。七年，调任扬州。过去发运司主管东南漕运，听任掌船的人私载货物，征收商税的部门不得留他们。因此掌船的人往往富厚，他们以官船为家，修补官船损坏的地方，并且周济船夫短缺，所以运载的货物到达目的地既迅速又没有损失。近年来禁止一切私载货物，因此船破损人穷困，船夫多盗窃所运载的官物来接济饥饿贫寒的生活。公私都受害，苏轼请求恢复原有的制度，朝廷同意了。没过一年，朝廷以兵部尚书的职务召苏轼入京，兼任侍读。
这一年，哲宗亲自到南郊祭祀，苏轼担任卤簿使，引导圣驾进入太庙。有十几辆打着红伞的牛车和十多辆打青盖的牛车抢争道路，不躲避皇帝的仪仗队。苏轼派御营巡检使询问他们，竟是皇后和大长公主。当时御史中丞李之纯任仪仗使，苏轼说：“中丞的责职应当是严肃政纪，不能不把这件事报告皇帝。”李之纯不敢说，苏轼在车中把这件事报告了皇帝。哲宗派使臣捧着书信骑马告诉太皇太后，第二天，下诏整肃皇宫仪卫，自皇后以下都不得迎接接见。不久苏轼升任礼部兼端明殿、翰林侍读两学士，任礼部尚书。高丽派使臣请求朝廷给他们一些书籍，朝廷沿用成例全部同意了他们的请求。苏轼说“：汉朝东平王请求朝廷赐给他诸子及太史公书，朝廷尚且不肯给予。现在高丽所要求的书籍，远远超过了汉东平王的请求，难道可以给他们吗？”朝廷没有接受他的意见。
元。。八年，宣仁太后去世，哲宗亲政。苏轼请求出外任地方官，以两学士的身份出知定州。当时国家大计方针即将发生变化，苏轼没能入宫向皇帝辞行。已经上路赴任时，苏轼上书说：“天下治乱，由于下情上达的道路是畅通还是堵塞所决定。天下大治时，普通百姓的意见都能自由通达朝廷；等到天下大乱时，即使是皇帝的近臣也不能将自己的意见进给皇帝。陛下即位已经九年了，除了执政大臣、台谏官外，不曾与大臣们接触。现在陛下刚开始亲自处理政务，应当把了解下情、清除阻塞作为急务。我每天侍奉在宫中，现在正要去戍守边境，却不能见陛下一次就动身了，何况疏远的小官们想要把自己的意见报告给陛下，那就更困难了。然而我不敢因为不得与陛下答对的缘故，不报效自己的愚忠。古代的圣人将有作为的时候，必然先处在暗处而观察明处，处在静止而观察动态，那么万物的情形，全部摆在面前。陛下的智慧超人，年龄正当盛年，我希望陛下虚心循理，一切不要有所作为，暗自观察各种事物的利与弊，以及大臣们的邪与正。以三年为期限，等得到实际情况，然后顺应事物采取措施。要使有了作为之后，天下没有怨恨，陛下也不后悔。由此看来，陛下有所作为，只担心太早，不担心稍迟，这已是很明显的了。我恐怕急功好利的大臣们，就要劝陛下轻率地有所改变，因此进呈了上述意见，冒昧地企望陛下留神，则是国家宗庙的福运，天下的大幸。”
定州军政败坏松弛，兵士们骄惰不服教诲，军校们蚕食士卒的口粮和赏赐的财物，前任地方官也不敢把他们怎么样。苏轼把贪污的军官发配到远恶的地方，修缮营房，禁止饮酒赌博，这样军中衣服粮食稍稍充足了一些，于是用战法部署约束士兵，士兵都畏服他。然而军校们害怕不安，有卒史拿着赃物控告他的长官，苏轼说：“这件事我自己处理是可以的，听任你告状，会在军队中造成混乱。”立即把他判决流放，于是大家才安定。
适逢春天大检阅，将校官吏们很长时间废除了上下级的名分，苏轼命令全按旧有的规章制度，主帅穿平常的服装到帐中来，将校官吏穿军装供给使令。副总管王光祖自认为是老将，觉得这样做耻辱，假装生病不来。苏轼叫来书吏，让他起草奏章，王光祖惧怕而出来参加阅军，检阅结束，没有一个怠慢的人。定州的人说：“自从韩琦走后，一直到今天没有见过这种检阅礼了。”与契丹和平已久，边兵已不能用。只有边境一带的弓箭社与敌寇相邻，因战射自卫，尚可称精锐。已故宰相庞籍守卫边境时，因当地风俗立法。年代久远法令弛废，又被保甲法所阻挠。苏轼上奏朝廷免除保甲法和两税折变、摊派，没有得到朝廷的答复。
绍圣初年(1094)，御史弹劾苏轼执掌内外制命的时候，所起草的制词诰命，是讥讽指斥先朝。于是苏轼以本官知英州，不久降一官，苏轼还没有到达英州，被贬为宁远军节度副使，安置在惠州居住。苏轼在惠州居住了三年，心境淡泊而没有什么怨恨不快，人不论聪明的和愚笨的，都得到他的欢心。又被贬为琼州别驾，在昌化居住。昌化，旧儋耳郡地，不是人所能居住的地方，药物、调补品都没有。开始时苏轼租赁官屋居住，官吏还说不可以，苏轼于是买地建房，儋耳百姓搬砖运土帮助他。苏轼独自和小儿子苏过相处，以著书为乐，常常和当地的父老乡亲交往，好像要在这里终老一生。
徽宗即位当皇帝，苏轼迁移到廉州，改任舒州团练副使，又迁徙到永州。经过三次大赦，苏轼于是提举玉局观，恢复为朝奉郎，元。。年间以来，不曾因为每年的考课要求升官，所以他的官职停止在此。建中靖国元年(1101)苏轼在常州逝世，终年六十六岁。
苏轼与弟弟苏辙，以父亲苏洵为老师学习写文章，而他们文学才能得自天赋。苏轼自己曾说“：写文章好比行云流水，开始时没有一定的形态，但是文章要常行在它所应当行的时候，止在它不可以不停止的地方。”即使是嬉笑怒骂的辞句，也都可以写下来诵读。苏轼的文章广大深沉光芒四射，雄视百代，自有文章以来，也很少有像他那样的文章。苏洵晚年读易，撰写易传没有完成，命苏轼继承他的遗志。苏轼撰写成易传，又撰写了论语说；后来居住在海南，撰写书传；又有东坡集四十卷、后集二十卷、奏议十五卷、内制十卷、外制三卷、和陶诗四卷。同时代的文人如黄庭坚、晁补之、秦观、张耒、陈师道，还没有被社会所了解时，苏轼对待他们好比朋友同辈，不曾以老师的资格自居。
苏轼自为举子到出入宫廷担任侍从，必定以爱君作为根本，忠规直论，正直大节，大臣们没有谁能超过他。但是被小人妒忌排挤，不让他安处朝廷上做官。
高宗即皇帝位，赠苏轼为资政殿学士，以他的孙子苏符任礼部尚书。又把苏轼的文章放在身边，整天读他的文章以致忘记了疲倦，认为是文章之宗，亲自写了东坡集赞，赐给苏轼的曾孙峤。于是赠苏轼为太师，谥“文忠”苏轼有三个儿子：苏迈、苏迨、苏过，都善于写文章。苏迈，任驾部员外郎。苏迨，任承务郎。